Pain, anteriormente conocido como Nagato, Pain es el reconocido líder de la Organización Akatsuki y proviene de la Aldea Oculta de la Lluvia. Él es referido como "líder" por todos los miembros a excepción de Konan, quien le llama por su nombre. Aunque él dirige las acciones de los demás miembros e impone autoridad sobre ellos, Pain toma ordenes de Tobi, quien en realidad es Madara Uchiha. Además de actuar como el líder de Akatsuki, Pain fue el lider del equipo triunfador en la guerra más reciente en el País de la Lluvia.

Como el líder de Akatsuki y de uno de los dos lados de la Guerra Civil de la Aldea Oculta de la Lluvia, Pain es un ninja extremadamente poderoso.

Pain se ha visto utilizando la Shōten no Jutsu, que le permite clonar miembros de Akatsuki utilizando sacrificios humanos que esos mismos miembros controlan y pueden utilizar para enfrentar enemigos en lugar suyo.

Su técnica más importante para las operaciones de Akatsuki es el Fūinjutsu, Genryū Kyū Fūjin. Con los demás miembros de Akatsuki, esta técnica comienza un proceso de tres días para sacar la Bestia de Colas de su dueño y posteriormente meterla a la fuerza en una estatua.

Pein tiene el Dōjutsu del Rin'negan.permite al usuario utilizar "Los Seis Chakras" y muchas otras cosas increibles, tanto asi que puede causar hasta la destruccion del mundo.